- c -

• cache_comparator : mems
• charmap : mems
• colmap : mems

- d -

• dbg_count : mems
• debug_aligner : mems
• debug_cga : mems
• debug_interval : mems
• debug_me : mems
• debug_muscle : mems
• debug_shite : mems
• debugging_cltm : mems
• DEFAULT_ENUMERATION_TOLERANCE : mems
• default_gap_extend : mems
• default_gap_open : mems
• DEFAULT_ISLAND_SCORE_THRESHOLD : mems
• DEFAULT_MEM_TABLE_SIZE : mems
• default_min_r_gap_size : mems
• DEFAULT_REPEAT_TOLERANCE : mems
• DNA_TABLE : mems

- f -

• failure_count : mems

- h -

• hoxd_matrix : mems

- i -

• INDEX_INTERVAL : mems
• INV_SCORE : mems
• INVALID_SCORE : mems

- l -

• lcb_hangover : mems
• LCB_UNASSIGNED : mems
• LEFT_NEIGHBOR : mems

- m -

• mask_length : mems
• mask_weight : mems
• max_density : mems
• max_gap_length : mems
• max_window_size : mems
• MEGA_ALIGN_COLUMNS : mems
• MIN_ANCHOR_LENGTH : mems
• min_density : mems
• min_window_size : mems

- n -

• NO_ADJACENCY : mems
• NO_MATCH : mems
• NumBins : mems

- p -

• penalize_repeats : mems
• POOL_GROWTH_RATE : mems
• print_sp : mems
• PROGRESS_GRANULARITY : mems
• progress_msgs : mems

- r -

• RIGHT_NEIGHBOR : mems

- s -

• seed_mask : mems
• seq_compare_start : mems

---