- a -

• AaronsLCB() : mems
• aClose() : mems
• AddGapMatches() : mems
• addGuy() : mems
• AddTo64() : mems
• AddToMatchIdentityMatrix() : mems
• addUnalignedIntervals() : mems
• addUnalignedIntervals_v2() : mems
• addUnalignedRegions() : mems
• aFileBusy() : mems
• aFlush() : mems
• alignedNtCountFilter() : mems
• AlignLCBInParallel() : mems
• AllocateFree() : mems
• aOpen() : mems
• aOperationComplete() : mems
• applyAncestralBreakpoints() : mems
• applyBreakpoints() : mems
• aRead() : mems
• aStatFileSize() : mems
• aStatSize() : mems
• aUpdateOperations() : mems
• aWaitComplete() : mems
• aWaitNotBusy() : mems
• aWrite() : mems

- b -

• BackboneIdentityMatrix() : mems
• BinningPhase() : mems
• bmer_compare() : mems
• bmer_id_lessthan() : mems
• bmer_lessthan() : mems

- c -

• cachecomp() : mems
• CalculateDataReadSize() : mems
• CalculateSortWriteSize() : mems
• checkCollinearity() : mems
• checkConsistent() : mems
• checkForAllGapColumns() : mems
• chooseNextAlignmentPair() : mems
• collapseCollinear() : mems
• comp_keys() : mems
• CompareKeys() : mems
• CompareKeys_qsort_wrapper() : mems
• ComplementHss() : mems
• ComputeAsciiBinNumber() : mems
• ComputeBinNumber() : mems
• computeConsensusScore() : mems
• computeGapScores() : mems
• computeGC() : mems
• computeID() : mems
• computeLCBAdjacencies_v2() : mems
• computeLCBAdjacencies_v3() : mems
• ComputeLCBs() : mems
• ComputeLCBs_v2() : mems
• computeMatchScores() : mems
• ComputeNNNNNBinNumber() : mems
• computeSPScore() : mems
• containsNode() : mems
• countGaps() : mems
• countUnrefined() : mems
• CREATE_EXCEPTION() : mems
• createAlignmentTreeRoot() : mems
• createBackboneList() : mems
• CreateBasicDNATable() : mems
• CreateGapSearchList() : mems
• createMap() : mems

- d -

• detectAndApplyBackbone() : mems
• DisplayStatus() : mems
• DisplayStatusHeader() : mems
• DistanceMatrix() : mems
• dmSML() : mems
• dmsort() : mems
• DoBinning() : mems
• DoReading() : mems

- e -

• EliminateOverlaps() : mems
• EliminateOverlaps_v2() : mems
• EnsureAllOperationsComplete() : mems
• extendRootBranches() : mems

- f -

• filterMatches() : mems
• filterMatches_v2() : mems
• findAndErase() : mems
• FindBoundaries() : mems
• findHssExcursions() : mems
• findHssHomologyHMM() : mems
• findHssRandomWalk() : mems
• findHssRandomWalk_v2() : mems
• findHssRandomWalkCga() : mems
• findHssRandomWalkScoreVector() : mems
• findIslandsBetweenLCBs() : mems
• findIslandsRandomWalk() : mems
• findIslandsRandomWalkCga() : mems
• findMidpoint() : mems
• findMscFromExcursions() : mems
• findRightEndpoint() : mems
• FinishBinning() : mems
• Fmt() : mems

- g -

• get_aln_score() : mems
• GetAlignment() : mems
• getBpList() : mems
• getCharmap() : mems
• getDefaultBpDistEstimateMinScore() : mems
• getDefaultBreakpointMax() : mems
• getDefaultBreakpointPenalty() : mems
• getDefaultScoringScheme() : mems
• getGapBounds() : mems
• getInterveningCoordinates() : mems
• GetLCBCoverage() : mems
• getNeighbor() : mems
• GetPairwiseAnchorScore() : mems
• getPairwiseLCBs() : mems
• greedyBreakpointElimination() : mems
• greedyBreakpointElimination_v4() : mems
• greedySearch() : mems

- h -

• HandleBinWriteCompletions() : mems
• HandleReadingCompletions() : mems
• HandleSeqbufWriteCompletions() : mems
• HssArrayToCga() : mems
• hssColsToIslandCols() : mems
• HssColsToIslandCols() : mems

- i -

• IdentifyBreakpoints() : mems
• IdentityMatrix() : mems
• idmer_greaterthan() : mems
• idmer_id_lessthan() : mems
• idmer_lessthan() : mems
• idmer_position_lessthan() : mems
• InitdmSML() : mems
• InitList() : mems
• InitRadixSort() : mems
• InitSML() : mems
• InitTime() : mems
• initTrackingMatchLCBTracking() : mems
• insert() : mems
• IsDenseEnough() : mems

- l -

• LoadAndCreateRawSequences() : mems
• LoadMFASequences() : mems
• LoadSequences() : mems

- m -

• m_allocateAndCopy() : mems
• m_free() : mems
• makeAlignmentTree() : mems
• makeAllPairwiseGenomeHSS() : mems
• MakeWorkingSet() : mems
• markAligned() : mems
• markAsRefined() : mems
• maskNNNNN() : mems
• MatchIdentityMatrix() : mems
• mergePairwiseHomologyPredictions() : mems
• mergeUnalignedIntervals() : mems
• msaFromSeqTable() : mems
• multFilter() : mems
• my_validateLCB() : mems

- o -

• operator<<() : mems
• operator>>() : mems
• outputBackbone() : mems

- p -

• parseCommand() : mems
• pipeExec() : mems
• PopHead() : mems
• PopTail() : mems
• prepareAlignmentTree() : mems
• print2d_matrix() : mems
• print_usage() : mems
• printBbSeq() : mems
• printMatch() : mems
• printProgress() : mems
• processNewMatch() : mems
• projectIntervalList() : mems
• propagateInvert() : mems
• PushHead() : mems
• PushTail() : mems

- q -

• QBrute() : mems
• QSort() : mems

- r -

• RadixSort() : mems
• readBackboneColsFile() : mems
• readBackboneSeqFile() : mems
• ReadBuffer() : mems
• ReadList() : mems
• readSubstitutionMatrix() : mems
• ReadTimer() : mems
• RecSort() : mems
• RemapSubsetMatchAddresses() : mems
• removeFile() : mems
• RemoveItem() : mems
• removeLargeGapsPP() : mems
• RemoveLCBandCoalesce() : mems
• ReorganizeWorkingSet() : mems
• rerootTree() : mems
• RestructureReadSMLBins() : mems
• RestructureSMLBinsForWrite() : mems

- s -

• scanFit() : mems
• scanLabels() : mems
• scanLeft() : mems
• scanRight() : mems
• SearchLCBGaps() : mems
• Shift64() : mems
• simpleFindBackbone() : mems
• simpleFindIslands() : mems
• SimpleGetLCBCoverage() : mems
• SingleCopyDistanceMatrix() : mems
• SortBuffer() : mems
• SortHandleCompletions() : mems
• SortingEnsureAllOperationsComplete() : mems
• SortingPhase() : mems
• SortReading() : mems
• SortSorting() : mems
• SortUpdateIOState() : mems
• SortWriting() : mems
• splitGappedAlignment() : mems
• StartTimer() : mems
• StopTimer() : mems
• stripGapColumns() : mems
• stripGaps() : mems
• swap() : std

- t -

• TransformDistanceIdentity() : mems
• Translate32() : mems
• translateToPairwiseGenomeHSS() : mems
• transposeMatches() : mems

- u -

• unalignIslands() : mems
• undoLcbRemoval() : mems
• UpdateDeviceIOExecuteState() : mems
• UpdateIOState() : mems
• UpdateWSIOFinishedState() : mems

- v -

• validateLCB() : mems
• validateRangeIntersections() : mems
• VFmt() : mems

- w -

• writeBackboneColumns() : mems
• writeBackboneSeqCoordinates() : mems
• WriteBuffer() : mems
• WriteList() : mems
• WritePermutationCoordinates() : mems

---