- a -

• amino_acid_codes : ClustalInterface.cpp

- c -

• clustal_outfile : ClustalInterface.cpp
• CODING_SEED : SeedMasks.h

- d -

• debugging_memory : Memory.h
• dna_gap_extend : ClustalInterface.cpp
• dna_gap_open : ClustalInterface.cpp
• dna_pw_ge_penalty : ClustalInterface.cpp
• dna_pw_go_penalty : ClustalInterface.cpp
• dnaflag : ClustalInterface.cpp

- e -

• endgappenalties : ClustalInterface.cpp
• explicit_dnaflag : ClustalInterface.cpp

- g -

• gap_extend : ClustalInterface.cpp
• gap_open : ClustalInterface.cpp
• gap_pos1 : ClustalInterface.cpp
• gcg_outfile : ClustalInterface.cpp

- i -

• interactive : ClustalInterface.cpp

- m -

• max_aa : ClustalInterface.cpp
• max_aln_length : ClustalInterface.cpp
• MAX_DNA_SEED_WEIGHT : SeedMasks.h
• max_names : ClustalInterface.cpp
• MIN_DNA_SEED_WEIGHT : SeedMasks.h
• mt : twister.c
• mti : twister.c

- n -

• names : ClustalInterface.cpp
• nbrf_outfile : ClustalInterface.cpp
• nexus_outfile : ClustalInterface.cpp
• no_weights : ClustalInterface.cpp
• nseqs : ClustalInterface.cpp

- o -

• output_clustal : ClustalInterface.cpp
• output_gcg : ClustalInterface.cpp
• output_gde : ClustalInterface.cpp
• output_nbrf : ClustalInterface.cpp
• output_nexus : ClustalInterface.cpp
• output_order : ClustalInterface.cpp
• output_phylip : ClustalInterface.cpp

- p -

• phylip_outfile : ClustalInterface.cpp
• pw_ge_penalty : ClustalInterface.cpp
• pw_go_penalty : ClustalInterface.cpp

- s -

• seq_array : ClustalInterface.cpp
• seqlen_array : ClustalInterface.cpp
• seqname : ClustalInterface.cpp
• SOLID_SEED : SeedMasks.h

- t -

• titles : ClustalInterface.cpp
• tmat : ClustalInterface.cpp

- u -

• use_endgaps : ClustalInterface.cpp
• usemenu : ClustalInterface.cpp

---